E' del 994 il più antico documento che ricordi Cusona, proprietà dei signori Bibbiano, situata lungo il fiume Elsa, tra San Gimignano e Poggibonsi (Poggio Bonzi). Cusona costituiva un importante nodo di comunicazione sulla strada Franchigena, o Romea nuova, per i viandanti diretti a Roma ed in Francia: uno dei suoi poderi conserva ancora la vestigia di una magione dell' Ordine Gerosolimitano di S. Giovanni. Dopo la distruzione di Semifonte, Cusona passa sotto il dominio di S. Gimignano e funziona come luogo di gabella sul confine fiorentino.

La terra di Cusona, per l' ubicazione, fu teatro di aspre contese. Nel Primo catasto di Firenze del 1427 la Villa di Cusona risulta appartenere, con quattro poderi, a Zanobi Bardi: casa con torre per dimora, orto e pergolati: "fa l' anno circa barili tre di vino bianco": probabilmente vernaccia.

É del 1503 il primo impianto a Cusona di una vigna a Vernaccia, ad opera di Agnolo Bardi. Risulta dai documenti che la Vernaccia fosse intensamente coltivata nel territorio sangimignanese in modo speciale dai Bardi di Cusona. Costanza Bardi, nel 1524, portò in dote Cusona al marito Girolamo Guicciardini, fratello del grande storico Francesco: "bella abitazione, bella possessione" con undici poderi. Una bellissima vigna di Vernaccia fu impiantata da Girolamo al podere Poggio: spesa oltre 190 ducati.

Da allora la fattoria Cusona è sempre rimasta in proprietà alla famiglia dei Conti Guicciardini. Nel 1750 Francesco Guicciardini iniziò grandiose opere di trasformazione: la deviazione del fiume Elsa attraverso un canale lungo 330 braccia, la bonifica del piano, importanti opere di restauro alla villa e, intorno, vigne e vigne, tracciate a spina o "giropoggio". Cusona era allora meta frequente delle gite del Granduca Ferdinando III di Lorena.

Intorno al 1850 la costruzione della grande cantina, con gallerie sotteranee. La fattoria aveva raggiunto ormai il massimo splendore. Cosimo Ridolfi così canta nel suo poemetto: "La villeggiatura di Cusona" (Firenze, 1822); "sacra ai studi di pace e all' amistade ricca di don Bacco e di Veturno obliato il rumor della cittade in te sta il saggio festeggiar l' autunno". Francesco Guicciardini, ministro dell' agricoltura e degli esteri (1906 - 1909) fece di Cusona un laboratorio sperimentale agrario e un' azienda modello per la nazione. Fu tra i primi a procedere alla ricostruzione del patrimonio viticolo su piede americano contro la filossera.

Sul finire del XVIII secolo, le storiche famiglie dei Conti Guicciardini e dei Principi Strozzi hanno consolidato stretti vincoli di parentela, animate dalla medesima passione per l' agricultura, a cui hanno sempre atteso con estrema cura. Rinomata per la sua produzione vinicola, dalla tradizione secolare, solo nel 1968 la Fattoria di Cusona iniziò la commercializzazione dell' intera sua produzione, a seguito di imponenti lavori di ristrutturazione delle cantine, l' acquisizione delle tecnologie più moderne per la vinificazione e l' imbottigliamento.

Dal '400 ad oggi il complesso ha avuto molte trasformazioni, oggi la Fattoria Cusona è completamente ristrutturata, oltre ad ospitare le cantine si trovano al suo interno una scuola di danza, gallerie d'arte e negozi.

La vinificazione e l'affinamento avvengono, oggi  come allora, nella storica cantina, mentre l'imbottigliamento e lo stoccaggio vengono effettuati nella nuova.